O Grêmio Esportivo Mauaense iniciou as atividades em 1981, após a entrega do troféu de campeão da Liga Mauaense de Futebol, no dia 3 de dezembro. Na ocasião, a premiação foi feita pelo presidente da Federação Paulista de Futebol da época, Nabi Abib Chedid. O mandatário fez uma sugestão para que a cidade criasse uma equipe para disputar a 3ª Divisão do Futebol Paulista, com o apoio da FPF.
Com o intuito de divulgar o nome de Mauá, o Grêmio Esportivo Mauaense teve como a base de sua primeira equipe profissional atletas de vários times da várzea, principalmente da seleção amadora de Mauá.
O primeiro confronto oficial como equipe profissional ocorreu em 31 de janeiro de 1982, diante do Suzano Futebol Clube. Três anos depois, em 1985, conquistou o primeiro título, o Campeonato Paulista da 3ª Divisão.
A próxima grande conquista da equipe ocorreu 18 anos depois, em 2003, quando o Grêmio Mauaense ficou com o título do Campeonato Paulista da Série B1, hoje Segunda Divisão. Com o triunfo, a equipe ganhou o direito de participar da Série A3, na qual ficou até o ano de 2007, quando foi rebaixada para a Segunda Divisão. Em 2008, o time classificou-se para a segunda fase e não conseguiu avançar. Por isso, disputa a competição novamente em 2009.
O clube pode ser novo, de 1981, mas a mascote do Grêmio Mauaense tem ligações seculares. Mauá só virou cidade no ano de 1954, mas no final do Século XIX, quando os ingleses vieram ao Brasil para a construção das ferrovias, encontraram como parceiro Irineu Evangelista de Souza, um brasileiro que se transformou no primeiro grande empresário do País. Uma de suas especialidades era construir ferrovias e a linha Santos-Jundiaí, ao lado da qual a cidade de Mauá acabou surgindo, estava neste traçado. Em 1926, a estação chamada de Pilar trocou de nome para homenagear o "Barão de Mauá". Com o clube de futebol da cidade não poderia ser diferente. A homenagem ao empresário das ferrovias brasileiras está na bandeira do clube e na mascote, a locomotiva.
