A história do São Paulo começa na virada do século, em 1900, com o Paulistano, time de Friedenreich e primeiro clube a excursionar na Europa (em 1925), mas que não admitia profissionalismo no futebol, assim como a Associação Atlética das Palmeiras. Assim, em 1930, os sócios decidiram fundar o São Paulo da Floresta, incorporando o vermelho e branco do Paulistano e o branco e preto da Associação Atlética das Palmeiras. Logo no seu ano de estreia, o time conseguiu chegar ao vice-campeonato e conquistou o título em 1931. Em 1933, bateu o Santos por 5 a 1 no primeiro jogo do futebol profissional do Brasil.

Com dívidas, o Floresta foi obrigado a se fundir com o Tietê, que decidiu pela extinção do primeiro, em maio de 1935. Porém, um grupo de sócios imediatamente fundou o Clube Atlético São Paulo, que em 16 de dezembro do mesmo ano passaria a se chamar São Paulo Futebol Clube. Houve nova fusão, dessa vez com o Estudante Paulista, time dissidente do Paulistano.

Na década de 40, Leônidas da Silva, o “Diamante Negro”, foi o grande nome do time. Se o primeiro título paulista foi conquistado em 1931, mais cinco foram conquistados em dez anos: 1943, 1945/46 (este de forma invicta), 1948/49. Além de Leônidas da Silva, fizeram nome no São Paulo nesta época Dino Sani, De Sordi e Mauro, nos anos 50; Bellini e Jurandyr, na década de 60; e Gerson, na de 70.

Depois de um período sem títulos nas décadas de 50 e 60 por conta da construção do estádio Cícero Pompeu de Toledo, o Morumbi, o time voltaria às glórias em 1977, com a conquista do primeiro Campeonato Brasileiro. Na década seguinte, o clube conseguiu, com os “Menudos do Morumbi", do técnico Cilinho, vencer mais uma vez a competição nacional, mais precisamente no ano de 1986. Depois, com Telê Santana como técnico, chegou ao terceiro título do Brasileiro, em 1991.

Na década de 90, o São Paulo iniciou uma escalada internacional, com a conquista da Copa Libertadores da América de 1992 e de 1993, que culminaram com dois títulos do Mundial Interclubes no Japão. Participaram das conquistas dos anos 80 e 90 jogadores como Waldir Peres, Oscar, Müller, Zetti, Cafu, Careca, Falcão, Leonardo, Raí e, mais recentemente, Rogério Ceni (que se aproxima do milésimo jogo e do centésimo gol pelo clube).

Depois de dez anos sem conquistas de amplitude nacional ou internacional, a equipe conseguiu se sagrar campeã da Copa Libertadores da América e do Mundo novamente em 2005 e tricampeão brasileiro nos anos de 2006 a 2008. A ótima sequência na competição nacional foi interrompida com campanha medianas nos anos seguintes que passaram sem títulos ao clube do Morumbi.

O período sem conquistas foi marcado pelas seguidas eliminações em semifinais do Campeonato Paulista. Além de 2007 (São Caetano) e 2008 (Palmeiras), o clube ainda foi eliminado em 2009 (Corinthians), 2010, 2011, 2012 (Santos) e 2013 (Corinthians) acumulando sete eliminações seguidas no estadual.

A sequência sem título só foi interrompida no final de 2012, quando o clube conquistou a conturbada Copa Sul-Americana diante do Tigre da Argentina que armou uma confusão no intervalo e não voltou a campo. O título coroou a passagem de um novo ídolo são-paulino, o meia Lucas que se transferiu para o Paris Saint-Germain.

O apelido de “Mais Querido” provém da época da ditadura, quando foram proibidas manifestações com cores de bandeiras estaduais. O São Paulo então entrou em campo em um jogo com a bandeira que tem as mesmas cores do Estado de São Paulo e foi aplaudido de pé pelo público do estádio, em protesto contra a censura. A camisa e o símbolo foram desenhados pelo alemão Walter Ostrich. As três estrelas vermelhas do centro são do tricampeonato mundial interclubes e as duas douradas dos ouros e recordes olímpicos no salto triplo de Adhemar Ferreira da Silva, em 1952 e 1956.

Em toda sua história, o São Paulo Futebol Clube foi campeão paulista 21 vezes (1931, 1943, 1945, 1946, 1948, 1949, 1953, 1957, 1970, 1971, 1975, 1980, 1981, 1985, 1987, 1989, 1991, 1992, 1998, 2000, 2005), supercampeão estadual uma vez (2002), campeão da Taça Rio-São Paulo uma vez (2001), seis vezes campeão brasileiro (1977, 1986, 1991, 2006, 2007 e 2008), tricmpeão da Copa Libertadores da América e do Mundial Interclubes (1992, 1993 e 2005), bicampeão da Recopa Sul-Americana (1993 e 1994) e Campeão da Copa Sul-Americana (2012).