Fundado no dia 11 de março de 1923, o Bandeirante Esporte Clube foi o primeiro representante da cidade de Birigui a disputar uma competição profissional da Federação Paulista de Futebol. Entretanto, isso aconteceu apenas duas décadas depois de seu surgimento, em 1948, quando esteve disputando o Campeonato Paulista da Segunda Divisão. O clube participou também dos torneios de 1950 e 1952, e, depois disso, permaneceu por dez temporadas licenciado.

O retorno, em 1963, foi gratificante: campeão do Paulista da Terceira Divisão e o acesso para a “Segundona” (atual Série A3). Entretanto, o clube esteve em apenas quatro edições da competição, já que em 1968 novamente pediu licença à FPF. Em 1972, o clube voltou às competições profissionais, ainda na Segunda Divisão, mas entre 1978 e 1981 disputou a “Terceirona”, quando conseguiu o acesso.

Em 1986, o Bandeirante chegou à sua maior conquista até então: campeão do Paulista da Segunda Divisão e, automaticamente, conquistou o direito de disputar no ano seguinte a Primeira Divisão,  tornando-se um dos poucos times do estado a disputar todas as divisões de campeonatos profissionais. Porém, a permanência do BEC na elite do futebol paulista não durou: no mesmo ano, foi rebaixado para a então Divisão Especial (nome que recebeu a antiga Segunda Divisão e atual Série A2).

Com a chegada da década de 90, a equipe foi oscilando acessos e rebaixamentos, variando entre a Série A2 e a Série A3. Na Série A3, permaneceu entre 1996 e 2001, quando conseguiu subir novamente à Série A2. Nesse mesmo ano, o Bandeirante teve mais uma conquista, a da Copa do Interior, que teve o nome alterado anos depois para Copa Federação Paulista de Futebol.

O ano de 2003 foi dramático dentro dos gramados. O Bandeirante passou boa parte do campeonato nas últimas colocações, mas em uma arrancada inesperada e comandada pelo técnico Varlei de Carvalho, o time ressurgiu das cinzas e no último jogo garantiu sua permanência na Série A2.

O Bandeirante permaneceu na Série A2 até o ano de 2008, quando terminou a competição no 17º lugar e, assim, foi rebaixado à Série A3. No último jogo da competição, a equipe perdeu para a Ferroviária, em Birigui, e se despediu da Série A2.

Em 2009, o Bandeirante chegou a brigar pela classificação, mas também esteve perto da zona do rebaixamento. Terminou na 14ª colocação, e, desta forma, disputará a Série A3 na temporada 2010.