A AEA – Associação Esportiva Araçatuba, é o resultado final e a tradução mais verdadeira e pura de um somatório de clubes, pertencentes diretamente a árvore genealógica da AEA, a qual a AEA é descendente, todas da cidade de Araçatuba, mesmo tendo sua fundação no de 1972, a verdadeira AEA paixão do povo de Araçatuba começou a trilhar seu caminho no futebol do Brasil com aquela que foi a equipe mais antiga da cidade de Araçatuba e que tentou o profissionalismo, a Associação Atlética Assistência, fundada em 08 de outubro de 1945, ostentava as cores do município, o azul e branco, o uniforme era camiseta branca com golas, calções e meiões azuis, ainda lembrado saudosamente pelos mais antigos araçatubenses, tendo participado da quarta divisão do futebol paulista em meados dos anos 60.
A primeira equipe profissional da cidade foi o São Paulo Futebol Clube, fundado em 15 de novembro de 1948, nas cores preto, branco e vermelho, o famoso esquadrão regional responsável por inúmeras conquistas regionais na linha da ferrovia Noroeste do Brasil. Em 1948 Araçatuba procurava um rumo no futebol. Não Havia nenhuma equipe de peso na cidade. Então, os desportistas de Araçatuba conseguiram organizar um torneio com o "Trio de Ferro", Palmeiras, São Paulo e Corinthians. O título ficou com o tricolor da capital, e surgiu a idéia de se fundar uma equipe com o mesmo nome em sua homenagem. Depois, em 1949 o São Paulo se funde com o Clube Atlético Araçatuba (popular clube amador da cidade), e houve a primeira proposta de mudança de nome, que foi recusada. Apenas em 1954 com a equipe em decadência, que é aprovada a mudança de estatuto e a equipe passa a se chamar Araçatuba Esporte Clube.
Em 1956 o Araçatuba Esporte Clube e o Clube Atlético Flamengo fazem uma fusão e decidem manter o nome de Clube Atlético Flamengo, em 1962, por decisão da diretoria e ocorre a volta do São Paulo FC que ainda tenta disputar o profissionalismo, mas sem sucesso acaba por sucumbir em 1965; sendo encampado pelo Clube Atlético Ferroviário, recém fundado no ano de 1963, o famoso "Ferrinho", time amador da cidade que recebeu apoio da prefeitura e se tornou profissional em 1966 é campeão da quarta divisão, mas dura apenas quatro anos, licenciando-se em dezembro de 1970. No ano de 1971 a cidade de Araçatuba teve o clube T-Maia, para quem sua população torceu.
Em 1972, a cidade se reuniu para fazer mais uma tentativa, e nascia a AssociaçãoEsportiva Araçatuba - AEA. Já no seu segundo ano de vida, a AEA se tornava campeã. Mas, o regulamento na época não permitia o acesso. A partir de então, a equipe se consolidou e, finalmente, realizou o sonho de todos os torcedores araçatubenses: ter um time na Primeira Divisão (A1), onde chegou em 1992, após vencer pela segunda vez a Segunda Divisão. Após uma queda em 1994, retornou em 1995, permanecendo na divisão de elite de 1995 a 2000.
A Associação Esportiva Araçatuba, foi fundada no dia 15 de dezembro de 1972, e trás consigo todo “pedigree” e é o único, reconhecido e legítimo descente dos clubes: Associação Atlética Assistência, São Paulo Futebol Clube, Clube Atlético Araçatuba, Araçatuba Esporte Clube, Clube Atlético Flamengo, Clube Atlético Ferroviário e T-Maia, os quais historicamente se tornaram seus antepassados.
Após reunião entre políticos, comerciantes, empresários e líderes de entidades de classe locais, a reunião que foi realizada no Esporte Clube Corinthians de Araçatuba, começou às 20h e teve a duração de cerca de duas horas. O nome da AEA foi idealizado por César Bombarda, que depois tornou-se Conselheiro do clube. O médico Dr. Geraldo Costa e Silva foi o primeiro presidente da A.E.A. O primeiro escudo do clube, era com quatro losangos,dois amarelos e dois brancos dentro de um círculo azul e amarelo com as inscrições "A.E.A" na parte superior e "ARAÇATUBA" na parte inferior foi criado por Juracy Violato, os losangos representam os quatro fundadores, que são: Desembargador Juracy Violato, Sr. Cesar Bombarda, Dr. Geraldo Costa e Silva e Sr.Aymoré Chiquito Ortega.
A primeira partida de futebol oficial da A.E.A aconteceu no início de janeiro de 1972, contra a equipe do Linense da cidade de Lins-SP, em Araçatuba, e terminou empatado por 0 a 0. Apenas na segunda partida entre os times empatada em 2 a 2, em Lins, foi marcado o primeiro gol canarinho, pelo atacante João Carlos. Logo em sua primeira competição oficial, a A.E.A alcançou sucesso. Comandada pelo técnico Aymoré Chiquito Ortega , o time foi campeão da Primeira Divisão de 1973 (atual A-2), jogando a final contra a equipe de Rio Claro, em Araçatuba. Entretanto o clube não conquistou o direito de disputar o grupo de elite porque, na época o acesso para a divisão especial como era chamada a atual série a A-1, havia sido congelado pela Federação Paulista de Futebol.
Em 1977 a equipe do então presidente João Jorge Rezek chegou, pelas mãos do técnico Norberto Lopes, ao triangular final da então segunda divisão. Teve a oportunidade de conquistar o sonhado acesso, já que enfrentaria em casa a equipe do São José e só precisava da vitória. Contudo, apenas empatou a partida, sendo obrigada a decidir a vaga na cidade de Franca contra a temida Associação Atlética Francana no dia 04 de dezembro de 1977 perdeu o jogo por 2 x 0 e a vaga no grupo de elite. O time voltou a chegar a uma final em 1982, quando disputou no Parque Antártica, em São Paulo, a fase final contra o Mogi Mirim, Bragantino e Taquaritinga.
No ano de 1985, um capítulo à parte: um colegiado de pecuaristas e usineiros montou o que era considerado um supertime, com a ascensão certa para o grupo de elite do futebol de São Paulo. O time chegou a ter estrelas como Dicá (Ex jogador da Ponte Preta), Zenon (Ex jogador de Guarani e Corinthias) e Beto Fuscão (Ex jogador de Grêmio-RS e Palmeiras) mas na reta final, o tal supertime foi desclassificado pelo pequeno Tanabi Esporte Clube. De 86 a 89, a AEA peregrinou pelas segundas e terceiras divisões do futebol paulista, com sucessivos acessos e descensos.
Em 1987, disputando a segunda divisão, o clube ficou entre os últimos colocados, sendo obrigado a participar de uma repescagem no segundo semestre daquele ano quando se salvou. Já em 1988 na então Divisão Intermediária a A.E.A não fez uma boa campanha e acabou por ser rebaixada. Mas no início de 1989 a A.E.A teve a oportunidade de se manter na Divisão Intermediária ao disputar um quadrangular com o Linense, Rádium de Mococa e Esportiva de Guaratinguetá. Mas perdeu a vaga para o Linense e teve de se contentar em disputar a terceira divisão, que na época era chamada de Segunda divisão. Na terceirona após um mal começo o time engrenou e acabou conquistando o acesso a Divisão Intermediária, com uma equipe comandada e dirigida pelo conhecido João Magoga.
De volta na Divisão Intermediária, a A.E.A quase conseguiu o acesso ao grupo de elite em 1990, com o técnico Urubatão Calvo Nunes, mas foi desclassificada na reta final. Em 1991 nas mãos do saudoso treinador Afrânio Riul, a equipe enfim conseguiu o título de Campeã da Divisão Intermediária, mas mais uma vez não disputou o grupo de elite, já que a Federação Paulista de Futebol subdividiu a Intermediária (atual A-2) e parte da Primeira Divisão (atual A-1) em apenas uma divisão. Nos anos de 92 e 93 a equipe se manteve na divisão intermediária.
Em 1994, veio o tão sonhado acesso ao grupo de elite. Com uma equipe comandada pelo técnico Roberval Davino, o time conquistou o título da Série A-2 por antecipação, ganhando a vaga na Série A-1 de 1995.
No grupo de elite foram seis anos de boas e más campanhas vindo a cair para a série A-2 no ano 2000. Em 2001 fez campanha discreta e se manteve na série A-2. No Ano de 2002 foi rebaixada para a série A3, em 2003 a equipe comandada pelo jovem técnico Luciano Silva fez uma excelente campanha e conquistou o acesso a Série A-2 com o vice campeonato.
De 2003 a 2008 disputou a série A-2, em 2008 se licenciou e retorna agora em 2012 para disputa da segunda divisão estadual da Federação Paulista de Futebol.
