Fundado em 10 de junho de 2016, o Atlético Real Cubatense surgiu através de uma ideia de Ewerton Gomes, presidente, e Adriano Moraes, vice. Os dois, na adolescência, foram jogadores e enxergavam que a cidade de Cubatão não tinha um clube onde todos os talentos da cidade pudessem mostrar o seu potencial no futebol paulista, já que o município, na história, teve apenas duas equipes disputando campeonatos profissionais (O Guimarães, na década de 60, e a AA Cubatense, em 2005). E esta lacuna, a partir de então, passa a ser preenchida pelo Atlético Real Cubatense.
O Guará Vermelho é uma a ave que habita os mangues de Cubatão e tornou-se símbolo da recuperação ambiental da cidade, nas décadas de 80 e 90, quando ele voltou ao seu habitat natural. Por isso, a escolha da mascote foi unânime entre os fundadores do Atlético Real Cubatense.