Até o final de 1920, vários clubes representavam a cidade de Monte Azul. Dentre eles, um dos mais famosos foi o Imparcial Futebol Clube. Mas nenhum deles conseguia representar a cidade e atrair a totalidade da população local. Mas este quadro mudou em 28 de abril de 1920, quando surgiu uma reunião entre algumas pessoas da cidade foi convocada para a criação de uma nova equipe. O objetivo era escolher um nome inquestionável e que sempre pudesse representar a cidade nas competições amadoras regionais que eram disputadas até então. Foi assim que um dos fundadores do clube, José Cione, sugeriu Atlético Monte Azul, que logo foi aceito por todos os presentes.

Embora tenha participado de diversas competições amadoras desde sua fundação, a participação do Monte Azul no Campeonato Paulista só começou em 1950, poucos anos após o início da profissionalização dos clubes do interior. Embora fosse filiado à Federação Paulista de Futebol, o Monte Azul participou de apenas três edições da Segunda Divisão, passando mais tarde por um recesso de oito anos sem participação em competições oficiais.

Assim, entre participações sem muito brilho nas competições estaduais e longos períodos de licenciamento da FPF, o clube só conseguiu obter uma boa sequência de participações a partir de 1990. Não por acaso, quatro anos depois, em 1994, veio o primeiro título, de Campeão Paulista da Segunda Divisão da Série B1B. Com isso, no ano seguinte, o clube passou a disputar a Série A3 do Campeonato Paulista, que disputou até 2007, quando terminou a competição em segundo lugar, garantindo o acesso à Série A2 do estadual.

Em 2008, o time não conseguiu avançar na competição, encerrando sua participação ainda na primeira fase, na 12ª colocação. Já em 2009, o clube fez uma boa campanha e conquistou não só o acesso à Série A1, como também o título da Série A2. Apesar do bom resultado, não conseguiu manter-se na elite do futebol paulista e acabou voltando à A2 na edição de 2010 do Paulista, após terminar o torneio na 18ª colocação.

Na volta à Série A2, em 2011, o clube conquistou a classificação para a segunda fase, mas perdeu o acesso. Em 2012 e 2013 fez campanhas apenas razoáveis - 12º e 10º - e não conseguiu a classificação.