O Rio Branco Esporte Clube foi fundado em 4 de agosto de 1913, com o nome de Arromba Futebol Clube. Sua primeira diretoria era composta pelo idealizador, João Truzzi, e mais 26 membros. Quatro anos depois, a entidade mudou de nome pela primeira vez, para Rio Branco Football Club, em homenagem ao Barão do Rio Branco. Somente em 1961, o clube recebeu o nome que carrega até hoje.

As primeiras conquistas surgiram em 1921, com os títulos de campeão da região e da Zona Paulista. Logo depois foi bicampeão do interior, o que colocou o Rio Branco na final do campeonato estadual contra o Corinthians.

Após o final da década de 40, o Rio Branco deixou de participar do campeonato estadual, voltando apenas em abril de 79, em parceria com o Americana Esporte Clube, quando começou a ser trilhado o caminho à divisão principal do futebol paulista.

Em 1990, após empatar com o Olímpia por 0 a 0, o clube de Americana conquistou o direito de disputar o Grupo “B” da 1ª Divisão do Futebol Paulista. Dois anos depois figurou no chamado Grupo “A” do Campeonato Estadual, onde permaneceu até 2007, quando terminou a competição na 19ª colocação e acabou rebaixado à Série A2.

Na temporada 2008, o Rio Branco realizou uma campanha regular na Série A2, terminando a competição no 11º lugar. Desta forma, não conseguiu a classificação à segunda fase do torneio e, consequentemente, não teve condição de disputar o acesso à elite do futebol paulista.

No Campeonato Paulista da Série A2 de 2009, o Rio Branco realizou uma ótima campanha na primeira fase da competição, com nove vitórias, nove empates e apenas uma derrota, ficando na terceira colocação. Na fase semifinal, a equipe de Americana conseguiu mais três vitórias e outros três empates, terminando na primeira colocação do Grupo 03. Além de conseguir o acesso, o Rio Branco disputou o título da competição.

Na primeira partida da decisão, em Americana, o Rio Branco conseguiu reverter a vantagem do Monte Azul ao vencer pelo placar de 1 a 0. Contudo, no jogo de volta, na casa do adversário, a equipe foi derrotada pelo placar de 3 a 2. Por ter feito a melhor campanha na primeira fase do Campeonato Paulista da Série A2, o Monte Azul tinha a vantagem de jogar por dois resultados iguais. Assim, ficou com o título da competição, deixando o Rio Branco com o vice-campeonato.

O retorno para a elite do futebol paulista durou pouco. Já na temporada de 2010 o clube ficou apenas na lanterna da tabela de classificação, sendo rebaixado novamente para a Série A2 estadual. Em 2011, o clube amargou novo rebaixamento, após terminar a primeira fase da competição em último lugar do seu grupo.

Disputando a Série A3 pela primeira vez na sua história, o Rio Branco fez bonito. Após realizar a melhor campanha na primeira e na segunda fase, a equipe fez a final do torneio contra o Grêmio Osasco. Com um empate em Osasco e uma vitória em Americana, o clube conquistou o título da divisão.

No ano do seu centenário, a expectativa em torno de uma boa campanha na Série A2 foi grande. As coisas, porém, não aconteceram conforme o planejado e a equipe terminou o torneio apenas na 14ª colocação, se livrando do rebaixamento na última rodada.

No ano de 2014 o Rio Branco lutou até as últimas rodadas para não ser rebaixado e retornar à Série A3. O clube de Americana terminou o campeonato na 14ª colocação, com quatro pontos de diferença para a zona da degola. Na Copa Paulista, o time melhorou o rendimento, avançou nas duas primeiras fases, mas deixou o torneio nas quartas de final ao ser eliminado pelo Independente.

A exemplo do ano anterior, em 2015 o Rio Branco não desempenhou grandes atuações e novamente lutou para não ficar entre os últimos colocados na tabela de classificação. O time terminou na 12ª posição, mas embolado com os clubes que jogaram contra o descenso.

Vários jogadores que passaram pelo Rio Branco obtiveram destaques no futebol nacional e mundial, como os volantes Flávio Conceição, Marcos Assunção, Marcos Senna e Mineiro; os meias Souza e Anaílson; além dos atacantes Marcelinho Paraíba, Sandro Hiroshi, Thiago Ribeiro e Macedo.