Antonio Tavares Pereira Lima era um engenheiro da Estrada de Ferro Araraquarense (EFA), disputava partidas como centroavante e possuía um espírito idealizador. Ele sonhava em abrir novos horizontes no cenário esportivo da cidade, em fundar um clube de amplas dimensões, com estádio próprio, sede social e ser filiado à Federação Paulista de Futebol e à antiga Confederação Brasileira de Desportos (CBD).

Certo dia, Vitor Buongermino, jogador de futebol local, pegou o trem que partiu de Catanduva às 18 horas e encontrou Antonio Tavares Pereira Lima, que vinha de Araraquara para Rio Preto. Ambos acabaram concordando com a necessidade de formar uma equipe competitiva para rivalizar com o Bancários, sensação da época e onde jogava um ponta-direita chamado Wilson Caniza, que desafiava qualquer time da região.

A partir daí, a ideia foi amadurecida nos pontos de encontro da época: Charutaria do Pilão, Alfaiataria Rosselli, Bar do Jeca, entre outros. Pereira Lima, com seu entusiasmo, carisma e popularidade conseguiu multiplicar os contatos e foi ganhando adesões de setores importantes da cidade.

Numa segunda-feira, dia 28 de janeiro de 1946, no salão de festas do Hotel São Paulo, no 3º andar do Edifício Curti, situado na Rua Bernardino de Campos, nº 1576, a convite de Antonio Tavares Pereira Lima e Vitor Buongermino, reuniram-se 53 esportistas locais além de cronistas de A Folha de Rio Preto e A Notícia. Os trabalhos foram iniciados por volta das 20h30, com Antonio Tavares Pereira Lima presidindo a reunião.

Ficou decidido que a nova agremiação teria o vermelho e o branco como cores oficiais. O novo clube que nascia foi batizado com o nome de América Futebol Clube.

O Conselho Deliberativo ficou constituído por 20 membros e o presidente eleito foi Vitor Buongermino. A seguir, deu-se início às eleições para Presidente e Vice-Presidente da Diretoria. Antonio Tavares Pereira Lima foi eleito Presidente e a Vice-Presidência ficou a cargo de Mário Alves Mendonça.

Uma vez empossados, iniciaram os trabalhos para filiar o América à Federação Paulista de Futebol, inscrevendo-o no Campeonato do Interior. Só que o time, por enquanto, tinha apenas um jogador; o próprio presidente, que jogava de centroavante. E lá se foi Mário Alves Mendonça para São Paulo cuidar dos registros e atrás de algum craque disponível para disputar o campeonato, que começava em dois meses.

O primeiro jogo da equipe de São José do Rio Preto foi contra a Ferroviária de Araraquara, no dia 17 de março de 1946, no Estádio Giocondo Zancaner, na cidade de Mirassol. A partida terminou com o placar de 3 a 1 para o América. Os gols foram marcados por Quirino, Fordinho e Dema, e Sacarrolha descontou para a equipe de Araraquara.

Em 1948, o América disputou o primeiro Campeonato Paulista. A equipe de São José do Rio Preto, que disputou a Segunda Divisão, terminou a competição na 9ª colocação, com 26 pontos. Em 1957, a equipe conseguiu vencer a Segunda Divisão, conseguindo, assim, o acesso à elite do futebol paulista, onde permaneceu até 1960.

No ano de 1963, o América conseguiu novo acesso à elite do futebol paulista e permaneceu até 1997, quando foi rebaixado novamente. Em 1999, a equipe de São José do Rio Preto conseguiu o título do Campeonato Paulista da Série A2, ao empatar os dois jogos da final contra a Ponte Preta, e, assim, retornou à Série A1. Contudo, no ano seguinte, o América foi novamente rebaixado.

Em 2001, a equipe conseguiu novo acesso à elite do futebol paulista e permaneceu na Série A1 até o ano de 2007, quando terminou a competição no 17º lugar e acabou sendo rebaixada novamente. Na temporada seguinte, com uma campanha irregular, o América conseguiu sair das últimas posições e permaneceu na Série A2, ao ficar em 15º lugar.

Com uma boa campanha no início do Campeonato Paulista da Série A2 de 2009, a equipe de São José do Rio Preto figurou entre os primeiros colocados em boa parte da competição. Contudo, o América caiu de rendimento e chegou à última rodada precisando vencer a Ferroviária, fora de casa, para conseguir a classificação à segunda fase do torneio. Com o empate por 0 a 0, a equipe terminou o campeonato na 9ª colocação, um ponto atrás do Taquaritinga (30 a 29) – último time a conseguir a vaga – e, assim, não pôde disputar o acesso.

Os três anos seguintes foram novamente bem abaixo das expectativas. Em 2010, eliminação na primeira fase e após lutar contra o descenso até a última rodada no Campeonato Paulista da Série A2 de 2011, o América conseguiu se sustentar na 8ª colocação do Grupo 01, à frente somente de Marília e Sertãozinho, rebaixados.

A temporada de 2012, por sua vez, não perdoou o mau rendimento ao longo da competição e mandou o time pela primeira vez na história para o Campeonato Paulista da Série A3, pior campanha da equipe de São José do Rio Preto de todos os tempos, terminando na última posição da tabela de classificação. Em 2013, a redenção não aconteceu e o clube evitou nova queda, desta vez para a Segunda Divisão, com apenas um ponto a frente do primeiro rebaixado.