Fundado em 25 de novembro de 2004 pelo empresário Júlio César Bianchim, o São Carlos Futebol Clube escreveu uma nova história no futebol profissional da cidade de São Carlos. A equipe substituiu o antigo Grêmio Esportivo Sãocarlense, único time da cidade a disputar a Série A1 do torneio estadual, no ano de 1990, e que não disputava competições estaduais desde o ano de 2004.
O São Carlos já nasceu com arrojada infra-estrutura. O centro de treinamento da equipe possui espaço próprio com campos, piscina, salas de musculação e fisioterapia, alojamento e refeitório. Além disso, o clube recebeu o direito de uso do Estádio Municipal Professor Luís Augusto de Oliveira, o “Luisão”, palco de grandes jogos do passado.
Em menos de um ano de vida, o São Carlos sagrou-se campeão paulista da Segunda Divisão em 2005. A equipe fez uma campanha com 18 vitórias, cinco empates e quatro derrotas, conquistando 59 pontos em 27 partidas disputadas. Nesta competição, marcou 62 gols e sofreu 30. Já nas participações na Série A3 do Campeonato Paulista, a equipe não apresentou o mesmo desempenho da Segundona, mas conseguiu se manter na Série, que disputará novamente em 2010.
Em 2011, o São Carlos realizou uma excelente campanha no Campeonato Paulista da Série A3 e terminou a primeira fase como terceiro colocado. Na segunda fase, a equipe de São Carlos, com três vitórias, dois empates e apenas uma derrota, conseguiu o acesso para a Série A2 do estadual, em que acabou eliminado na primeira fase, após escapar do rebaixamento.
Na temporada seguinte, porém, o clube não teve a mesma sorte. Com desempenho abaixo da média, o clube terminou a competição em 18º lugar e foi rebaixado para a Série A3.
Paulo Henrique da Silva, um garotinho de apenas 10 anos de idade, é o autor do desenho escolhido entre mais de mil ilustrações feitas para concurso que escolheu a mascote do São Carlos F.L.
O “Sanca”, nome carinhoso com que o torcedor da cidade batizou o São Carlos, ganhou o adendo de Águia da Central. Assim como o animal-símbolo, o São Carlos mostrou que, apesar da inexperiência, mostrou que tem garra para chegar na Divisão principal do Futebol Paulista.
