Uma das equipes mais vitoriosas do interior de São Paulo, o Bragantino nasceu em 1928 como uma dissidência de outra equipe da cidade, o Bragança Futebol Clube, que nunca chegou a se profissionalizar e depois viria a desaparecer.

Como único representante da cidade, o Bragantino estreou no profissionalismo em 1949, terceira temporada da Lei do Acesso, quando disputou a Segunda Divisão do Campeonato Paulista (atual Série A2). Após um breve período de instabilidade, o time firmou-se na divisão em 1956, disputando-a por 10 temporadas seguidas.

Foi neste período, em 1958, que chegou à presidência Nabi Abi Chedid. Sob seu comando, em 1965, o time conquista o título da Primeira Divisão (equivalente a atual A2, a principal chamava-se Especial) e o acesso à elite do futebol paulista. A estreia na divisão principal deu-se em 1966, mas o Bragantino não fez uma boa campanha e acabou rebaixado no mesmo ano, voltando à Primeira Divisão em 1967, onde ficaria até 1971.

A década de 1970 foi a pior da história do Bragantino. O clube, já experimentado nos gramados da primeira divisão, esteve licenciado por quatro temporadas e disputou a Terceira Divisão (quinto nível do futebol da época, sem equivalência atual) nos anos de 1978 e 1979.

A virada ocorreu na década seguinte. Em 1980, o time recebeu um convite para disputar a Segunda Divisão (Série A2) e voltou a ter regularidade no campeonato, disputando-o por nove temporadas seguidas.

O título da Divisão Especial (Série A2) de 1988 abriu para o clube de Bragança Paulista sua fase áurea. O time chegou à elite e tornou-se protagonista na temporada 1990, quando conquistou o título na “final caipira”, contra o Novorizontino. O Bragantino foi a segunda das três equipes do interior do estado a conquistar o título na elite do Paulistão. As outras duas foram a Inter de Limeira, em 1986, e o Ituano, em 2002.

O time base da conquista é inesquecível para os torcedores do Bragantino: Marcelo; Gil Baiano, Júnior, Carlos Augusto e Biro-Biro; Mauro Silva – que depois seria tetracampeão mundial com a Seleção Brasileira –, Ivair, Mazinho e Tiba; Mário e João Santos. O técnico era Vanderlei Luxemburgo. No ano seguinte, o time ainda chegaria à final do Campeonato Brasileiro, perdendo a decisão para o São Paulo.

Em grande fase, o Bragantino tornou-se figura frequente na Copa Conmebol, sempre fazendo boas campanhas nos campeonatos paulista e nacional. Mas o rebaixamento no Paulistão, em 1995, foi um golpe duro. A partir de então foram dez anos de dificuldades. O time acabaria rebaixado também no Brasileirão, em 1997, o que só aumentou a crise.

Sem campanhas expressivas, o time de Bragança Paulista permaneceu na Série B durante os anos de 1998, 1999, 2000 e 2001. No ano seguinte, em 2002, o time apresentou uma campanha irregular no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, atual Série A2 do Campeonato Paulista. No mesmo ano, foi rebaixada para a Série C do Campeonato Brasileiro.

A volta aos bons tempos só começaria em 2005, quando o time conquistou o acesso para a Série A1.

Em 2007, após disputar as semifinais do Campeonato Paulista, veio o título da Série C do Brasileiro e o consequente acesso para a Série B. Na disputa desta edição desde 2008, esteve sempre entre os dez melhores da competição, emplacando a melhor campanha na mesma temporada de seu retorno, com a sétima colocação.

No Paulistão, não repetiu a boa campanha de 2007, e após campanhas medianas em 2008 e 2009, tomou sustos em 2010 e 2011 quando evitou o rebaixamento para a Série A2 por um ponto.

Em 2012, porém, o clube voltou a fazer boa campanha, se classificando para as quartas de final, onde acabou eliminado pelo São Paulo, mas já no ano seguinte manteve a rotina de oscilar, e foi apenas o 11º colocado na primeira fase.

No ano de 2013, a equipe de Bragança Paulista fez uma campanha regular na elite do estadual, terminando na 13ª posição da tabela. Assim, como na Série B do Campeonato Brasileiro, encerrando a participação na 12ª colocação.

Já no ano seguinte, em 2014, chegou as quartas de final do Campeonato Paulista, mas acabou sendo eliminado pelo Palmeiras. Na competição nacional, a equipe ficou próxima de ser rebaixada para a Série C, tendo apenas três pontos do 17º colocado.

Nesse ano, o Bragantino teve a segunda pior campanha do Campeonato Paulista, conquistando sete pontos, consequentemente, sendo rebaixada para a Série A2 do estadual.