Fundado no dia 12 de dezembro de 2005, o Sport Clube Atibaia nasceu desacreditado, mas em pouco tempo foi ganhando a simpatia dos moradores da cidade. A agremiação tinha o objetivo de colocar o município de Atibaia novamente no cenário profissional do futebol paulista, já que o São João Futebol Clube virou clube social (São João Tênis Clube), o Boa Vista Futebol Clube está extinto e o Grêmio Esportivo Atibaiense está licenciado desde o início da década de 1990.
Com o intuito de aproveitar jogadores da própria cidade e da região, a equipe estreou em 2006 no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, competição que não passou da primeira fase. Paralelamente à equipe profissional, iniciou os trabalhos também com as categorias de base, disputando os Campeonatos Paulistas Sub 15, Sub 17 e Sub 20. O melhor resultado obtido foi no Sub 20, chegando às oitavas-de-final.
No ano de 2007, o clube novamente participou do Campeonato Paulista da Segunda Divisão, mas desta vez com mais êxito, passando à terceira fase da competição e ficando muito próximo do acesso à Série A3. Suas três categorias de base também estiveram em atividade na temporada, mas todas, Sub 15, Sub 17 e Sub 20, foram eliminadas precocemente.
Já em 2008, na disputa do Campeonato Paulista da Segunda Divisão, com 20 pontos no Grupo 04, a equipe se classificou em quarto lugar para a segunda fase, mas foi eliminada após ficar em quinto do Grupo 07, com 11 pontos. Mesmo assim, sobrou o alento de ter o artilheiro da competição: Thiago marcou 19 vezes e Roni também se destacou, com dez gols. Nesse ano, porém, esteve ausente nas competições das categorias de base.
Em 2009, a equipe está de volta à disputa em todas as categorias, do Sub 11 à Segunda Divisão do Sub 20. Entre os profissionais, em mais uma disputa da Segunda Divisão do Campeonato Paulista, a equipe foi eliminada na segunda fase da competição.
A diretoria escolheu para mascote do clube uma ave muito comum na região: o falcão. Apesar de a escolha ainda não ser definitiva, reflete o desejo e sonho da comunidade. Assim como o falcão, que voa alto e soberano, o desejo é que o Atibaia esteja na busca constante de seus objetivos, que é a ascensão à Série A1 do futebol paulista.
