Desde 1982, com o fim das atividades da Sociedade Esportiva Ilha Solteira, a cidade não contava com um time de futebol profissional. Então, depois de 11 anos, em 1993, em uma parceria com a Prefeitura Municipal, que buscava incentivar os esportes na região, nascia a Associação Esportiva Ilha Solteira, que ingressou em competições oficiais no ano seguinte, no Campeonato Paulista da Série B2.
Em 1996, o clube deixou de participar pela primeira vez dos campeonatos oficiais de São Paulo, o que se repetiria ainda em 1998. Entre 2000 e 2005, a equipe também não participou do Campeonato Paulista e retornou, na Segunda Divisão, em 2006. No mesmo ano, o Ilha Solteira passou a investir nas categorias de base e tomou parte pela primeira vez do Campeonato Paulista Sub 20 da Segunda Divisão.
Em 2008, o clube fechou uma parceria para a disputa da temporada profissional de 2009, mas não passou da primeira fase da competição, ficando em último lugar.
A Associação Esportiva Ilha Solteira tem uma das mascotes mais inusitadas do nosso futebol: o Sol. É uma derivação do também original escudo da equipe e uma reprodução do brasão da bandeira do município. Os raios que saem do centro na verdade representam a geração de energia elétrica. A cidade nasceu da construção da Hidrelétrica de Ilha Solteira, concluída em 1978, uma das maiores do mundo. Nada mais lógico, então, do que utilizar o sol para representar tanta energia.
