A Associação Atlética Internacional de Bebedouro foi fundada no dia 11 de junho de 1906, oriunda do Foot Ball Club Internacional de Bebedouro, que posteriormente passou a se chamar Sport Club Internacional e, por fim, em 1920, passou a carregar o nome que ostenta atualmente.

Três anos mais tarde, o clube teve seu reconhecimento e consequentemente a filiação à Associação Paulista dos Esportes Atléticos (APEA). Em 1924, começou a participar de competições amadoras, fase que durou até 1947. Durante este período, a Internacional acumulou números expressivos: 310 jogos intermunicipais, 32 interestaduais, 36 contra equipes da capital paulista e três contra times do exterior (todos contra o Peñarol, do Uruguai).

A partir de 1948, o clube ingressou nas competições profissionais, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, onde permaneceu até 1952 e se licenciou nos dois anos seguintes. Em 1955, a Internacional retornou às atividades oficiais, ainda na Segundona e, em 1956, chegou próxima do acesso à Primeira Divisão, vencendo a Série Pecuária. Porém, em um quadrangular contra equipes vencedoras de outras séries, o time de Bebedouro não conseguiu chegar à elite do futebol paulista.

Até 1968, a Internacional continuou suas atuações nos campeonatos profissionais, mas em 1969, mais uma vez, o clube se licenciou novamente até 1972. Durante esse período, apenas a categoria juvenil esteve em atividade. O time principal disputou, esporadicamente, alguns amistosos.

O retorno deu-se em 1973, na disputa do Campeonato Paulista da Primeira Divisão (atual Série A2). Seis anos mais tarde, conquistou seu primeiro título: a Copa São Paulo, que contou com a presença de outros 20 times.

No ano de 1982, a Internacional esteve mais uma vez próxima de chegar à Divisão Especial (atual Série A1), mas foi derrotada pelo Taquaritinga no último jogo do torneio. O resultado foi bastante sentido na cidade, e somado a algumas questões políticas, no ano de 1983 o clube novamente esteve fora dos campeonatos profissionais.

A parceria com a prefeitura foi retomada em 1984, quando disputou o Campeonato Paulista da Segunda Divisão, competição que atuou até 1987, época da reestruturação do futebol estadual, quando passou a integrar a atual Série A3, onde permaneceu até 1993. Nos dois anos seguintes, esteve no Campeonato Paulista da Série B1. Em 1996, retornou à A3, onde permaneceu até 2004.

As dificuldades financeiras continuaram e, no mesmo ano de 2004, licenciou-se das competições profissionais e só retornou em 2007, no Campeonato Paulista da Segunda Divisão. Em 2008 e 2009, a equipe não conseguiu passar à segunda fase da competição.