O José Bonifácio Esporte Clube foi fundado no dia 01 de fevereiro de 1961, com a união de duas equipes da cidade: a Associação Esportiva José Bonifácio, que chegou a disputar o Campeonato Paulista da Terceira Divisão em 1957, e o América Futebol Clube, equipe amadora. O nome do clube foi dado como homenagem à cidade.
Mais de uma década se passou até que o clube se tornasse profissional, em 1972, quando se inscreveu no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, com o apoio da prefeitura e de atletas da cidade. No ano de estréia no cenário profissional, conseguiu conquistar o título, vencendo o Pirassununguense na final.
Com a conquista, o José Bonifácio garantiu o acesso à Primeira Divisão, mas não pôde subir porque o estádio não atendia às exigências da Federação Paulista de Futebol.
Nas duas décadas seguintes, o clube esteve sempre presente nos campeonatos organizados pela FPF. Entretanto, em 1998, a agremiação, com problemas financeiros, se licenciou das competições profissionais e esteve ausente até 2005. O José Bonifácio retornou em 2006 no Campeonato Paulista da Segunda Divisão, que disputou também em 2007. No ano seguinte, o clube novamente não esteve no torneio, voltando a figurar entre os participantes na edição de 2009, quando foi eliminado na primeira fase.
A mascote escolhida pela diretoria do José Bonifácio Esporte Clube foi uma serpente. A explicação é que este animal ainda não era símbolo de nenhum dos rivais da região, que já tinham utilizado vários outros animais como o Elefante, do Linense; Leão, do Mirassol; Pantera, do Penapolense; Águia, do Fernandópolis; o Touro de Barretos. Como José Bonifácio foi fundada no Vale do Rio Tietê, a denominação final da mascote ficou sendo a “Serpente do Vale”.
