Fundado no dia 19 de março de 2004, o Mogi das Cruzes Futebol Ltda. enfrentou inicialmente algumas dificuldades. Na época, o regulamento da Federação Paulista de Futebol impedia que clubes da mesma cidade entrassem em competições profissionais. Como Mogi das Cruzes já contava com o União Mogi, a curiosidade fica por não poder disputar o campeonato no ano de sua fundação.
Para diferenciar as duas agremiações, o azul e o branco logo foram parar no estatuto, no uniforme e no escudo do clube. Até agora não houve mudanças desde as suas origens. Em formato tradicional, a logomarca azul traz o nome da cidade sobre uma cruz vazada, com uma imagem de Jesus.
Além disso, a cruz também aparecia em um dos primeiro uniformes da equipe. Em azul-marinho, contava com uma cruz branca na camisa e no calção. Para o segundo uniforme, o padrão era apenas invertido. Atualmente, o fardamento titular é completamente azul, com poucos detalhes brancos.
Na sequência, com a mudança do regulamento, o Mogi das Cruzes estreou como equipe profissional. Seu primeiro torneio foi a Segunda Divisão do Campeonato Paulista, em 2005, no dia 10 de abril, perdendo por 4 a 0 para o Força.
Depois de cinco partidas, enfim, a primeira vitória: no dia 22 de abril, justamente contra o rival da cidade, o União Mogi – vitória por 4 a 1, no estádio Francisco Ribeiro Nogueira. A equipe conquistou ainda mais tr^s empates e não passou da primeira fase.
No ano seguinte, mais uma vez o Mogi esteve inscrito na Segundona e conseguiu um desempenho superior, alcançando a segunda fase. Entretanto, o clube ficou na 14ª posição, além de assistir ao rival União Mogi ser campeão e conquistar o acesso.
Paralelamente à competição profissional, o clube também desenvolve, desde 2006, um trabalho com as categorias de base que, no mesmo ano, estreou no Campeonato Paulista Sub 20. Novamente na Segunda Divisão do Campeonato Paulista, o Mogi das Cruzes almeja chegar à Série A3 do futebol paulista.
Mogi das Cruzes tem uma longa história no futebol paulista. Várias equipes representaram a cidade desde a década de 20. Durante os anos 40, auge do Campeonato do Interior, Mogi chegou a ter mais de cinco representantes. De todos estes, perseverou o União. Recentemente, havia uma lei que proibia a presença de mais de um time por cidade, mas isso terminou há três anos, possibilitando o surgimento de novas associações. O Mogi Ltda. foi o primeiro clube-empresa da cidade a ser federado na FPF. Assim, nada mais justo do que ele ser conhecido como o “caçula de Mogi” e sua mascote ser uma criança.
