O Presidente Prudente Futebol Clube foi fundado em 1989 por um grupo de amigos, formado por Roque Nanci Grosso,Ronaldo Nanci Grosso, Paulo Ponce Arroio, Arlindo Grosso, Almir Fernandes da Silva e Edgard Augusto Cândido Xavier, moradores da Vila Industrial.
O Tricolor da Vila Industrial, como é popularmente chamado, fez seu jogo de estréia no dia 09 de Abril de 1989, contra o Santa Catarina E.C, empatando por 2 a 2. Ainda em 1989, a equipe amadora do clube se filiou à Liga Prudentina, disputando o Campeonato Amador do Estado, organizado pela Federação Paulista de Futebol.
Em Fevereiro de 2000, o clube construiu seu centro esportivo, local onde treina jovens para compor as equipes Sub 20 e profissional. O primeiro título da história do clube veio quatro anos depois, quando venceu o campeonato amador organizado pela Liga Prudentina de Futebol. No ano seguinte, a equipe conquistou o bicampeonato, vencendo o Santos/Hinomoto por 2 a 1, no Estádio Eduardo José Farah.
A estréia do time profissional ocorreu apenas em 2006, na disputa pelo Campeonato Paulista da Segunda Divisão.
A Onça Pantaneira foi escolhida para ser a mascote do clube. Apesar de ter sido fundado em 1989, o time só se voltou para as competições profissionais no ano passado o que faz com que a sua mascote ainda seja pouco conhecida. A escolha do animal tem uma razão antiga. Deve-se ao fato de que no lugar onde hoje se encontra o Centro de Treinamento do “Tricolor da Vila Industrial”, havia uma mata fechada com grande quantidade de onças desta espécie. Com o desenvolvimento da cidade acabaram desaparecendo ou migrando para outras regiões.
